CFDA注冊系將食品安全辦的職責、食品藥品監管局的職責、質檢總局的生產環節食品安全監督管理職責、工商總局的流通環節食品安全監督管理職責整合組建而成，負責藥品、醫療器械、化妝品和消費環節食品安全的監督管理。CFDA注冊于2013年3月22日正式掛牌成立，國務院食品安全委員會辦公室主任張勇出任首位國家食品藥品監督管理總局局長、黨組書記。
北京西城區宣武門西大街26號院，原國家食品藥品監督管理局辦公大樓門前，“國家食品藥品監督管理總局”白底黑字牌匾正式掛出。這意味著這一新組建的正部級部門正式對外亮相，食品安全過去多頭分段管理的“九龍治水”局面即將結束。新組建的國家食品藥品監督管理總局將統合食安辦、藥監、質檢、工商相應職責，對食品和藥品的生產、流通、消費環節進行無縫監管。
從SFDA到CFDA
2013年3月22日，食品藥品監督管理局官網的CFDA注冊也同步進行了更名，一律改成國家食品藥品監督管理總局，英文簡稱由“SFDA”變成“CFDA”，就連原先的官方微博“中國藥監”也改成了“中國食藥監”。
機構設置
CFDA注冊設辦公廳、綜合司（政策研究室）、法制司、食品安全監管一司、二司、三司、藥品化妝品注冊管理司（中藥民族藥監管司）、醫療器械注冊管理司、藥品化妝品監管司、醫療器械監管司、稽查局、應急管理局、科技和標準司、新聞宣傳司、人事司、規劃財務司、國際合作司（港澳臺辦公室）、機關黨委、駐總局紀檢組監察局、離退休干部局等。
